USB Type-CとUSB 3.1は同一ではありません。USB Type-Cは、USB 3.1規格の一部ですが、USB 3.1が伝送の規格であるのに対し、USB Type-Cはコネクタの規格です。つまり、USB Type-Cという「形状」のコネクタに、USB 3.1やThunderbolt 3などの伝送規格を組み合わせているということです。
Thunderbolt 3に対応したデバイスを Thunderbolt 3に対応したUSB Type-Cコネクタに接続した場合、転送速度は最大40GB/sとなります。
Thunderbolt 3はUSB 3.1に下位互換があるので、USB 3.1対応のデバイスは、USB Type-Cコネクタに接続できます。但し、速度上限は10GB/s (USB 3.1の理論値)となります。
これに対し、Thunderbolt 3対応のデバイスは、USB 3.1対応のUSB Type-Cコネクタに接続しても機能しません。